لم تكن كلماته حول السجن اعتباطاً بل شكلت تطبيقاً عملياً للصبر والتضحية من أجل ما يؤمن به دفاعاً عن المقدسات الإسلامية حيث قال" ندخل السجن مسرورين للخلوة مع الله الى نهار صيام وليل قيام وسندخل السجن الى لحظات صفاء ولحظات نداء ودعاء".

في عام 1981 كان الإعتقال الأول لشيخ الأقصى بعد تخرجه من كلية الشريعة بتهمة مقاومة الإحتلال، وبعد الخروج لم يسلم من المضايقات حيث فرضت عليه الإقامة الجبرية، ورُفض طلبه للالتحاق بسلك التعليم في مسقط رأسه من الإحتلال، فاضطر للعمل في المهن الحرة.

بعد محاولة اقتحام المسجد الأقصى حيث كانت السبب في إثارة غضب الفلسطينيين واشتعال الإنتفاضة الثانية، اشتدت الحملات الرسمية وغير الرسمية التي استهدفت الشيخ رائد صلاح، فالصقت به اتهامات الإرهاب، وتهديد أمن " الدولة" وتعرض في سبيل ذلك للتحقيق البوليسي القاسي، ومنع من السفر خارج فلسطين المحتلة، ومنع من دخول المؤسسات التعليمية والأكاديمية لإلقاء المحاضرات.

عام 2002 أغلقت جريدة " صوت الحق والحرية " التي أسسها الشيخ حيث كانت الناطقة باسم حركته، لحجب صوتها في الكشف عن الإنتهاكات والتجاوزات الإسرائيلية بحق المقدسات في الأراضي المحتلة.

عام 2003 تعرض شيخ الأقصى للإعتقال في حملة أشرف عليها ما يزيد عن ألف شرطي من الوحدات الخاصة، بالإضافة لمشاركة رئيس الشاباك ووزير الأمن الداخلي وكبار رجالات الكيان ، واستمر الإعتقال حتى عام 2005، حيث كانت التغطية الإعلامية على محاكماته تحظى بالإهتمام من مختلف الوسائل الإعلامية المحلية والعالمية، ما رفع شأن القضية التي اعتبرتها الحركة الإسلامية محاولة لمحاكمة قيم الإسلام والقرآن الكريم وهدم أركانه الأساسية، وتغييب معالمه ومقدساته.


عام 2009 تم اصدار حكم بالسجن الفعلي لمدة تسعة أشهر على شيخ الأقصى، وستة أشهر أخرى مع وقف التنفيذ بتهمة التحريض على الإحتجاج، وفرضت عليه المحكمة الصهيونية غرامة مالية كبيرة لأحد أفراد الشرطة وقال الشيخ رائد صلاح آنذاك :ذا خيرتنا المؤسسة الاسرائيلية بين ان نسجن او نتنازل عن حقنا في الدفاع عن الاقصى فمرحبا بالسجون.

عام 2010 ومن سجن الرملة رفضت المحكمة الصهيونية طلب الإستئناف الذي قدمه محامي شيخ الأقصى وحكم عليه بالسجن الفعلي لخمسة أشهر على خلفية ملف باب المغاربة من أحداث مطلع العام 2007، إلى أن أُطلق سراحه صباح يوم الأحد الموافق 12/12/2010، وبقي خارج السجن فترة من الزمن.

عام 2011
أعاد الاحتلال اعتقال الشيخ رائد صلاح يوم الثلاثاء الموافق 22/02/2011 خلال تواجده في خيمة الاعتصام في حي البستان ببلدة سلوان وسـط مدينة القدس المحتلة، وبقي في أسره حتّى قرر الاحتلال اطلاق سراحه يوم الأربعاء الموافق 02/03/2011 على أن يبقى الشيخ رهن الإقامة الجبرية دون أن يمارس أي نشاط له.