تعود البدايات الأولى لإنشاء جامعة مؤتة إلى قرار لجنة المشروع التربوي في الجنوب في اجتماعها الثاني ، الذي عقد بتاريخ 26/5/1980 ، حيث تقدمت اللجنة بتوصية لإنشاء مؤسسة للتعليم العالي في الجنوب ، تعمل على إعداد قيادات مؤهلة عسكريا وأكاديمياً للمؤسسة العسكرية والأمن العام وإعداد قيادات لأجهزة الخدمة المدنية ببعديها الإداري والفني والقيام بالبحوث والدراسات العلمية وخدمة المجتمع المحلي .
فقد التقت إرادة التاريخ الممثلة بأصالة تقاليد آل البيت وحرصهم على المضيء قدماً في حمل مشاعل الماضي لإضاءة الحاضر ، مع إرادة صنع المستقبل بالتواصل والاستمرار ، لتأسيس فكرة جامعة مؤتة مؤكدة فلسفة توزيع مكاسب التنمية واستحقاقاتها على الأقاليم الأردنية كافة تجاه الإسهام الفاعل في تنمية المجتمعات المحلية المحيطة بها، بعد ذلك تتابعت الخطى في مسيرة إخراج الفكرة إلى حيز الوجود0
وبتاريخ 24/8/1980 تشكلت اللجنة الخاصة بجامعة مؤتة برئاسة دولة السيد احمد أللوزي ورئيس الديوان الملكي آنذاك ثم برئاسة سيادة الشريف زيد بن شاكر القائد العام للقوات المسلحة الأردنية وعضوية لجنة من المفكرين والمربين العسكريين والمهتمين بشؤون التعليم العالي في الأردن وأخذت اللجنة على عاتقها هذه المهمة التاريخية وأنجزتها بأمانة وإخلاص .